Rozrachunek to zapis papierów wartościowych dokonywany na kontach ewidencyjnych prowadzonych w KDPW. Krajowy Depozyt prowadzi rozrachunek pieniężny w trybie wielosesyjnym oraz RTGS.

Rozrachunek  w Krajowym Depozycie wykonywany jest na zasadzie DvP (delivery versus payment - KDPW zapewnia jednoczesny rozrachunek papierów wartościowych w zamian za gotówkę) lub na zasadzie FoP (free of payment - KDPW pośredniczy wyłącznie w transferze papierów wartościowych pomiędzy kontami uczestników).
 
Zgodnie z obowiązującymi międzynarodowymi standardami, rozrachunek pieniężny odbywa się w pieniądzu banku centralnego (PLN). W przypadku trybu wielosesyjnego, odbywa się on metodą kompensacji wielostronnej saldami netto, zaś w przypadku trybu RTGS metodą brutto (transakcja po transakcji).
 
Transakcje zawierane na rynku regulowanym giełdowym i w alternatywnym systemie obrotu (ASO), zabezpieczone systemem gwarantowania rozliczeń, objęte są cyklem rozrachunkowym T+2.

Krajowy Depozyt dokonuje rozrachunku na podstawie instrukcji dostarczonych przez uczestników KDPW, izbę rozliczeniową KDPW_CCP lub na podstawie dokumentów zawierających warunki tych transakcji dostarczonych przez spółkę prowadzącą dany rynek regulowany albo przez podmiot organizujący dany alternatywny system obrotu.
Do rozrachunku przyjmowane są zarówno instrukcje w formie komunikatów xml, jak też instrukcje w formie komunikatów MT opartych na standardzie ISO15022.
Komunikaty udostępniane przez Krajowy Depozyt mają format dogodny dla uczestnika (komunikaty xml lub MT). W odpowiedzi na przesłaną instrukcję rozrachunku uczestnik otrzymuje komunikaty statusowe (po każdej zmianie statusu) oraz po dokonaniu rozrachunku – wyciąg w formie zestawienia. System kdpw_stream obsługuje również zapytania o status instrukcji, o saldo, o listę księgowań.  

Ponadto, system kdpw_stream oferuje:

• uzupełnianie przez system domyślnych wartości wybranych pól,
• rozrachunek transakcji z zastosowaniem limitu tolerancji,
• mechanizm hold-release, umożliwiający wstępne uzgodnienie warunków transakcji przez strony bez konsekwencji w postaci rozrachunku,
• obsługę zleceń stałych,
• obsługę instrukcji wzbogacających, umożliwiających modyfikowanie treści przesłanych wcześniej instrukcji rozrachuku,
• obsługę transakcji złożonych - uczestnicy mogą wzajemnie uwarunkować przeprowadzenie rozrachunków dwóch lub większej liczby transakcji,
• dedykowanie rozrachunku instrukcji na określoną sesję rozrachunkową.

W celu optymalizacji procesu rozrachunku Krajowy Depozyt pośredniczy w zawieraniu pożyczek automatycznych, do których dochodzi w przypadku stwierdzenia braku papierów wartościowych na koncie ewidencyjnym właściwego uczestnika  niezbędnych do dokonania rozrachunku transakcji.